Hirate Seitan On'Jin est un RPG qui prend place dans le Japon féodal. Vous incarnez Hirate, un jeune gardien qui doit sauver les Kamis, les dieux des éléments. Shindo et son armée de Tengu veulent les rendre esclaves et exploiter leurs puissances.

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L'originalité du jeu se base dans ses combats de boss. A la fin des niveaux, Shindo et un Kami vont s'affronter et le joueur devra faire pencher le combat en faveur du Kami en faisant des actions propres à chaque combat.